El área de estudio de CIEP serán los ecosistemas de la Patagonia Occidental Chilena (41° 45’S - 56° 32’S), desde su origen fluvial o lacustre, hasta el Océano adyacente. Esta área incluye el sistema de aguas interiores, constituido por islas y canales de formación glaciar, que representa el 95% de la línea costera de Chile; y uno de los sistemas hídricos más complejos y menos intervenidos del planeta. Esta extensa zona, contiene también valiosas reservas de agua dulce de importancia mundial, donde destaca la presencia de grandes Campos de Hielo.

Siendo Aysén el centro geográfico del área descrita, el proyecto focalizara sus actividades iniciales en la Región de Aysén, zona que posee un valioso patrimonio ambiental constituido por una gran variedad de ecosistemas y una rica biodiversidad acuática y terrestre. Se estima que dentro de las enormes cuencas de esta región, se encuentran algunos de los pocos lugares de la Tierra donde las actividades antrópicas no han dejado una huella significativa sobre los principales ciclos naturales. Este patrimonio ambiental se encuentra, al mismo tiempo, asociado a un enorme potencial de desarrollo industrial (pesquero, turístico, hidroenergético y minero)

En la región, se distinguen cuatro cuencas hidrográficas relevantes. Ríos caudalosos trasandinos de régimen mixto (Palena, Cisnes, Aysén, Baker), dos cuencas de alimentación glaciar (Pascual, Bravo) y dos extensos Campos de Hielo: Campo de Hielo Norte (completamente en la región) y Campo de Hielo Sur (parcialmente dentro de ésta)

Aun hoy en día, dado los patrones de circulación atmosférica y oceánica del Pacifico Sur, la región conserva extensos Campos de Hielo, situación única del mundo en esta latitud. En este contexto, los cambios climáticos holocénicos asociados al desplazamiento de la deriva de los vientos del oeste y la corriente circumpolar Antártica quedan fuertemente registrados en esta zona y la hacen fuertemente vulnerable a un escenario de cambio climático global, coincidente con la intensificación de la actividad humana a nivel local.