En el laboratorio de Arqueología se procesan los materiales arqueológicos fruto de la investigación de distintos proyectos que se desarrollan en CIEP. Habitualmente éstos corresponden a material lítico y óseo de sitios de la Región que no sólo estudian los investigadores de CIEP, sino también su equipo de tesistas y practicantes. Actualmente, también se lleva a cabo extracción de colágeno de huesos para realizar fechados radiocarbónicos y estudios de isótopos estables, se extraen almidones y microfósiles de los filos de las herramientas líticas para conocer sus potenciales funciones y se arman colecciones óseas de la fauna silvestre de la región con el propósito de compararlas con los restos arqueológicos.