Consolidar la investigación fundamental en ecosistemas acuáticos y terrestres para determinar el impacto de las fluctuaciones naturales del clima (cambios históricos) y del cambio global (cambios antropogénicos) sobre éstos.
Consolidar la investigación fundamental sobre procesos arqueológicos y el poblamiento temprano de la región de Aysén, así como resguardar el patrimonio arqueológico regional.
Generar información científica pertinente al desarrollo de actividades productivas sustentables, en particular en los sectores pesca artesanal, acuicultura, turismo y forestal.
Intensificar la investigación aplicada y fomentar el traspaso de conocimiento científico a la sociedad regional.
Extender las redes científicas internacionales para multiplicar las investigaciones desarrolladas en la región, mejorar la calidad del conocimiento de sus ecosistemas y favorecer su difusión.