Gobierno Regional de Aysén
El Gobierno Regional (GORE) de Aysén, desde el comienzo ha sido uno de los principales socioss del CIEP. Junto a CONICYT está encargado de supervisar y monitorear el cumplimiento de los objetivos y vela por el adecuado uso de los recursos públicos involucrados. Participa en el cofinanciamiento del centro y es activo en la definición de las prioridades de investigación y vinculación científico-tecnológica del CIEP. Asimismo, el Gobierno Regional, tiene especial interés en involucrar a los sectores públicos y privados con el CIEP.
Universidad de Aysén
Institución de educación superior, estatal y autónoma, constituida como comunidad trimestralmente, laica y pluralista. Tiene como misión contribuir al desarrollo sustentable nacional, con especial énfasis en la Patagonia Aysén, así como también a la justicia social, a través del desarrollo, diseminación y divulgación de conocimiento, la formación integral de profesionales, la investigación e innovación, la creación artístico- cultural; basando su quehacer en una estrecha vinculación con el medio local y global, el trabajo colaborativo con otras instituciones
Anid
El CIEP es parte del programa de Centros Regionales de la Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo, ANID, quienes, junto al GORE velan por el fiel cumplimiento de los compromisos y objetivos comprometidos por CIEP. La ANID, anteriormente CONICYT, ha apoyado desde su génesis al CIEP aportando importantes recursos basales lo que le ha permitido consolidar su liderazgo en investigación científica y tecnológica de excelencia en la Patagonia.
Copas Coastal
Copas Coastal es un programa de investigación oceanográfica centrado en la Patagonia chilena que dirige el Centro de Investigación Oceanográfica en el Pacífico Sur-Oriental, COPAS de la Universidad de Concepción. Se inicia en el 2008 con financiamiento de CONICYT (Programa de Financiamiento Basal para Centros Científicos y Tecnológicos de Excelencia) y con participación del Centro de Investigación en Ecosistemas de la Patagonia (CIEP) y el Servicio Hidrográfico y Oceanográfico de la Armada de Chile (SHOA), como instituciones asociadas.
Centro IDEAL
El Centro de Investigación Dinámica de Ecosistemas Marinos de Altas Latitudes (IDEAL) es financiado por la Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT), a través de su programa Fondo de Financiamiento de Centros de Investigación en Áreas Prioritarias (FONDAP). Es liderado por la Universidad Austral de Chile (UACh), siendo sus instituciones asociadas la Universidad de Concepción (UdeC) y el Centro de Estudios del Cuaternario, Fuego-Patagonia y Antártica (CEQUA) en Punta Arenas. El financiamiento logístico para la investigación antártica es proveído por el Instituto Antártico Chileno (INACh).
Universidad de Concepción
AL igual que la Universidad Austral, aporta su amplia experiencia en la conducción de grandes proyectos de investigación y desarrollo. Comparte el apoyo con respecto a la obtención de fondos complementarios nacionales e internacionales, que hagan posible el desarrollo de los programas comprometidos en el presente y futuro del CIEP. Actualmente, es propietaria de la infraestructura de Alto Baguales, edificio puesto a disposición para el funcionamiento del centro.
Universidad Austral
La Universidad Austral de Chile (UACh), participa como entidad asociada al CIEP y con una activa vinculación científica con investigadores del centro, y un importante apoyo en acciones de divulgación y valoración de la ciencia a través del PAR Explora Región de Aysén..
INIA
El accionar del INIA en la Región de Aysén está enfocado al estudio de agroecosistemas, especialmente de aquellos alterados para su uso pecuario. Los procesos que han ocurrido desde los ecosistemas forestales prístinos hasta los niveles de mayor alteración por vía antrópica son de gran interés y ofrecen un vasto campo de investigación en el que INIA aporta con capacidades científicas.
Universidad d Cordoba
Dos siglos de historia avalan la trayectoria de la Universidad de Córdoba. Sus estudios van desde las Humanidades y las Ciencias Jurídico-Sociales a las Ciencias de la Salud y las carreras científico-técnicas. Destaca por su especialización agroalimentaria y medioambiental. A ese objetivo se une el papel protagonista de la UCO en el desarrollo del Espacio Europeo de Educación Superior. La UCO asumió el rol de coordinación de las Universidades de la Junta de Andalucía en relación a los aportes financieros y académicos al CIEP.
University of Montana
La Universidad de Montana, EE.UU, colabora con la labor de investigación del CIEP e identifica oportunidades para vincular sus estudiantes de post-grado con la Región de Aysén, a través del centro; tiene especial motivación por estimular la movilidad de capital humano avanzado y por el desarrollo de iniciativas internacionales conjuntas.