Las dinámicas biogeoquímicas de los fiordos en el océano Pacífico sudeste son altamente influenciadas por procesos hidrológicos y oceanográficos que se presentan a escala estacional. En este estudio, se describe el rol del forzamiento hidrográfico sobre la variabilidad estacional del sistema de carbonatos del fiordo glaciar subantártico Seno Ballena, en el Estrecho de Magallanes (53°S). Se midieron las variables biogeoquímicas en 2018 durante tres buques hidrográficos estacionales (otoño, invierno y primavera) y a través de un equipo de medición mooring de pCO2-pH de alta frecuencia durante 10 meses a 10 ± 1 m de profundidad en el fiordo. Los datos hidrográficos mostraron que el aporte de agua dulce del glaciar influenció en la capa superficial adyacente del fiordo y forzó el desarrollo de CO2 poco saturado (< 400 μatm) y agua en estado de saturación de Aragonito bajo (ΩAr < 1). Durante la primavera, el agua de la superficie tuvo una concentración pCO2 relativamente baja (media = 365; rango: 167 – 471 μatm), pH alto (media = 8,1 en la escala de concentración total de protones; rango: 8,0 – 8,3) y ΩAr alto (media = 1,6; rango: 1,3 – 4,0). Las mediciones simultáneas de biomasa de fitoplancton y condiciones de nutrientes durante la primavera indicaron que los periodos con valores más bajos de pCO2 correspondieron a las tasas más altas de fotosíntesis de fitoplancton, resultado de la entrada de nutrientes autóctonos y el proceso de mezcla vertical. Por otro lado, se registraron los valores más altos de pCO2 (rango: 365 – 433 μatm) y los valores relativamente más bajos de pHT (rango: 8,0 – 8,1) y de ΩAr (rango: 0,9 – 2,0) en aguas superficiales frías durante el invierno y otoño. Las concentraciones de iones de carbonato naturalmente bajas de agua dulce diluyeron las concentraciones de iones de carbonato en agua de mar y disminuyeron la saturación de carbonato de calcio del fiordo. En primavera, a 10m de profundidad, una producción primaria más alta causó una disminución relativa en ΩAr y pHT. Si se asume que el cambio climático global en un futuro provocará un mayor retroceso de los glaciares y una mayor acidificación del océano, este estudio representa avances importantes en la comprensión de los procesos del agua de deshielo de los glaciares sobre las dinámicas del CO2 en los sistemas glaciar-fiordo.